工(gong)藤(teng)新一(yi)(yi)是(shi)全(quan)國(guo)著名的高中(zhong)生(sheng)偵探,在一(yi)(yi)次追查(cha)(cha)黑衣人(ren)犯(fan)罪團(tuan)伙(huo)時不幸被團(tuan)伙(huo)成員發現,擊暈后喂了神奇的藥水(shui),工(gong)藤(teng)新一(yi)(yi)變回了小(xiao)孩!新一(yi)(yi)找到(dao)了經(jing)常(chang)幫(bang)助他(ta)的阿(a)笠博士,博士為他(ta)度(du)身(shen)打造不少間(jian)諜武器。為了防止犯(fan)罪團(tuan)伙(huo)對他(ta)進行報(bao)復,新一(yi)(yi)決定隱姓埋(mai)名,暗中(zhong)追查(cha)(cha)他(ta)們,希望能得到(dao)解藥。一(yi)(yi)日(ri),新一(yi)(yi) 的女友(you)毛利蘭(lan)來到(dao)了阿(a)笠博士的家(jia)(jia)尋找男友(you)的下落(luo),被小(xiao)蘭(lan)撞見的新一(yi)(yi)情急之下編造了自己名叫江(jiang)戶川柯(ke)南,隨(sui)后柯(ke)南寄居在了小(xiao)蘭(lan)家(jia)(jia)。小(xiao)蘭(lan)的父親毛利小(xiao)五郎是(shi)一(yi)(yi)名私家(jia)(jia)偵探,新一(yi)(yi)可以(yi)籍(ji)著和他(ta)一(yi)(yi)起四出辦案一(yi)(yi)起追查(cha)(cha)黑夜人(ren)的下落(luo)。柯(ke)南在小(xiao)學認(ren)識步美等小(xiao)學生(sheng),他(ta)們一(yi)(yi)起組織了一(yi)(yi)個少年(nian)偵探團(tuan),向罪犯(fan)宣戰!