工(gong)藤(teng)新(xin)一(yi)是(shi)全(quan)國著(zhu)名的(de)高中生偵(zhen)探(tan),在(zai)一(yi)次追(zhui)(zhui)查黑衣人(ren)犯(fan)(fan)罪團(tuan)(tuan)伙(huo)時不幸被(bei)團(tuan)(tuan)伙(huo)成員發現,擊(ji)暈(yun)后喂了(le)神奇的(de)藥水,工(gong)藤(teng)新(xin)一(yi)變回了(le)小孩!新(xin)一(yi)找(zhao)到了(le)經常幫助他(ta)的(de)阿笠博(bo)士,博(bo)士為他(ta)度身打造不少(shao)間諜(die)武器。為了(le)防止犯(fan)(fan)罪團(tuan)(tuan)伙(huo)對他(ta)進(jin)行(xing)報復,新(xin)一(yi)決定(ding)隱姓(xing)埋名,暗中追(zhui)(zhui)查他(ta)們,希望能得到解藥。一(yi)日,新(xin)一(yi) 的(de)女友(you)毛(mao)利蘭來到了(le)阿笠博(bo)士的(de)家尋找(zhao)男友(you)的(de)下落,被(bei)小蘭撞見的(de)新(xin)一(yi)情急之下編造了(le)自己名叫江戶川(chuan)柯(ke)南,隨(sui)后柯(ke)南寄居在(zai)了(le)小蘭家。小蘭的(de)父親毛(mao)利小五郎(lang)是(shi)一(yi)名私家偵(zhen)探(tan),新(xin)一(yi)可以籍(ji)著(zhu)和(he)他(ta)一(yi)起四出辦案一(yi)起追(zhui)(zhui)查黑夜人(ren)的(de)下落。柯(ke)南在(zai)小學認識步美等小學生,他(ta)們一(yi)起組織了(le)一(yi)個少(shao)年偵(zhen)探(tan)團(tuan)(tuan),向罪犯(fan)(fan)宣戰!