工(gong)藤新一是全(quan)國著名(ming)的高中生偵探,在(zai)一次追(zhui)(zhui)查黑衣人犯(fan)(fan)罪團(tuan)伙時不幸被團(tuan)伙成員發現,擊暈后(hou)喂了(le)神奇(qi)的藥水(shui),工(gong)藤新一變回(hui)了(le)小(xiao)(xiao)(xiao)孩!新一找(zhao)到(dao)了(le)經常(chang)幫助他(ta)的阿笠博(bo)士,博(bo)士為(wei)他(ta)度(du)身打造不少間(jian)諜武器。為(wei)了(le)防止犯(fan)(fan)罪團(tuan)伙對他(ta)進行報(bao)復,新一決定隱姓埋(mai)名(ming),暗中追(zhui)(zhui)查他(ta)們,希(xi)望能得到(dao)解藥。一日,新一 的女友毛(mao)利(li)蘭來到(dao)了(le)阿笠博(bo)士的家尋(xun)找(zhao)男友的下(xia)(xia)落,被小(xiao)(xiao)(xiao)蘭撞見的新一情急之(zhi)下(xia)(xia)編造了(le)自己名(ming)叫江(jiang)戶川柯南(nan),隨后(hou)柯南(nan)寄(ji)居(ju)在(zai)了(le)小(xiao)(xiao)(xiao)蘭家。小(xiao)(xiao)(xiao)蘭的父親毛(mao)利(li)小(xiao)(xiao)(xiao)五(wu)郎是一名(ming)私家偵探,新一可以籍著和他(ta)一起四出(chu)辦案一起追(zhui)(zhui)查黑夜人的下(xia)(xia)落。柯南(nan)在(zai)小(xiao)(xiao)(xiao)學認識(shi)步美等小(xiao)(xiao)(xiao)學生,他(ta)們一起組織了(le)一個少年偵探團(tuan),向(xiang)罪犯(fan)(fan)宣戰!