工(gong)(gong)藤新(xin)(xin)一(yi)(yi)是全國著(zhu)名(ming)的(de)高(gao)中生偵(zhen)探,在(zai)一(yi)(yi)次追查(cha)黑衣人犯罪團(tuan)伙時(shi)不(bu)幸(xing)被團(tuan)伙成員發現,擊暈(yun)后喂了(le)(le)神奇的(de)藥水(shui),工(gong)(gong)藤新(xin)(xin)一(yi)(yi)變回了(le)(le)小孩!新(xin)(xin)一(yi)(yi)找(zhao)到了(le)(le)經常幫助他(ta)(ta)的(de)阿(a)笠博(bo)士(shi),博(bo)士(shi)為他(ta)(ta)度身打造不(bu)少間諜(die)武(wu)器。為了(le)(le)防止犯罪團(tuan)伙對他(ta)(ta)進行報復,新(xin)(xin)一(yi)(yi)決定隱姓埋名(ming),暗(an)中追查(cha)他(ta)(ta)們(men),希望(wang)能得(de)到解藥。一(yi)(yi)日,新(xin)(xin)一(yi)(yi) 的(de)女(nv)友毛利(li)(li)蘭(lan)來(lai)到了(le)(le)阿(a)笠博(bo)士(shi)的(de)家(jia)尋找(zhao)男友的(de)下落,被小蘭(lan)撞見的(de)新(xin)(xin)一(yi)(yi)情急(ji)之下編造了(le)(le)自己名(ming)叫江(jiang)戶川(chuan)柯南(nan)(nan),隨后柯南(nan)(nan)寄居(ju)在(zai)了(le)(le)小蘭(lan)家(jia)。小蘭(lan)的(de)父親毛利(li)(li)小五(wu)郎是一(yi)(yi)名(ming)私家(jia)偵(zhen)探,新(xin)(xin)一(yi)(yi)可(ke)以籍著(zhu)和(he)他(ta)(ta)一(yi)(yi)起四(si)出辦案一(yi)(yi)起追查(cha)黑夜人的(de)下落。柯南(nan)(nan)在(zai)小學認識步美等小學生,他(ta)(ta)們(men)一(yi)(yi)起組織(zhi)了(le)(le)一(yi)(yi)個少年偵(zhen)探團(tuan),向罪犯宣戰!