工(gong)藤新(xin)一是全國著名(ming)(ming)的(de)高中生(sheng)偵探,在一次追查(cha)黑衣人犯罪團(tuan)伙時不幸被團(tuan)伙成員發現,擊暈后(hou)喂(wei)了神(shen)奇的(de)藥水,工(gong)藤新(xin)一變(bian)回了小(xiao)(xiao)(xiao)孩!新(xin)一找到了經常幫(bang)助他的(de)阿(a)(a)笠博士(shi),博士(shi)為他度身打造不少間諜武器。為了防(fang)止犯罪團(tuan)伙對他進(jin)行(xing)報(bao)復,新(xin)一決(jue)定(ding)隱姓埋(mai)名(ming)(ming),暗(an)中追查(cha)他們(men),希望能得到解藥。一日,新(xin)一 的(de)女友(you)毛利(li)蘭來到了阿(a)(a)笠博士(shi)的(de)家尋找男友(you)的(de)下落(luo)(luo),被小(xiao)(xiao)(xiao)蘭撞見的(de)新(xin)一情急之(zhi)下編造了自己名(ming)(ming)叫江戶川柯(ke)南(nan),隨(sui)后(hou)柯(ke)南(nan)寄居在了小(xiao)(xiao)(xiao)蘭家。小(xiao)(xiao)(xiao)蘭的(de)父親毛利(li)小(xiao)(xiao)(xiao)五郎是一名(ming)(ming)私家偵探,新(xin)一可以籍著和(he)他一起四出辦案一起追查(cha)黑夜(ye)人的(de)下落(luo)(luo)。柯(ke)南(nan)在小(xiao)(xiao)(xiao)學(xue)認識步美等小(xiao)(xiao)(xiao)學(xue)生(sheng),他們(men)一起組織了一個少年偵探團(tuan),向罪犯宣戰(zhan)!